L'action principale du livre a lieu dans le Moscou des années 1930, où Satan se manifeste sous l'identité d'un mystérieux magicien nommé Woland, accompagné d'une troupe hétéroclite qui prend pour cible les parvenus et autres corrompus. Le jeune et enthousiaste poète, Ivan Biezdomny (dont le nom signifie sans-logis) tente vainement de poursuivre et de capturer cette troupe, puis d'avertir les autorités de sa nature diabolique, mais ne parvient qu'à se faire jeter dans un asile de fous.
Le personnage du Maître, auteur aigri, désespéré par le dénigrement dont a fait l'objet son roman sur Ponce Pilate et le Christ, se détourne du monde, y compris de son aimée Marguerite et après une période de vagabondage, se fait enfermer dans le même asile de fou qu'Ivan Biezdomny.
Une autre action se situe à Jérusalem, sous le gouvernement du procurateur Ponce Pilate. Il s'agit du récit que Woland fait à Berlioz et qui trouve écho dans les pages du roman du Maître.
Dans un troisième temps, Satan donne un bal de minuit, qui coïncide avec la nuit du Vendredi Saint. Il fait une offre à Marguerite, qu'elle accepte : devenir une sorcière douée de pouvoirs surnaturels le temps du bal, et servir à Satan de "Maîtresse de maison" pour recevoir ses invités.
Alors qu'elle apprend à voler et à contrôler ses passions débridées -- non sans se venger avec violence des bureaucrates littérateurs qui ont condamné son amant au désespoir -- et qu'elle entraîne avec elle sa domestique Natacha, Marguerite pénètre nue dans le monde de la nuit, survole les forêts noires et les fleuves de la Mère Russie, se baigne, et purifiée, revient à Moscou pour être l'hôte du grand bal de Satan. Debout au côté de ce dernier, elle accueille les personnages les plus tristement fameux de l'histoire de l'humanité alors qu'ils se déversent en nombre des portes de l'enfer.
Satan lui offre d'exaucer son vœu le plus cher. Elle choisit de retrouver son amant le Maître et de vivre avec lui dans la misère et l'amour.
