1960. Une épidémie de variole noire, une maladie mortelle incurable que l'on croyait éradiquée en URSS, se déclare à Moscou. Pour lutter contre cette épidémie potentielle, le KGB nomme le colonel Shilov. Il se met immédiatement au travail, car il a un compte à régler avec la variole. Sa mission : trouver toutes les personnes infectées et empêcher la propagation du virus. Mais ce n'est pas si simple. La contagion s'est infiltrée dans les bas-fonds de la capitale. Shilov est contraint de chercher des réponses dans les profondeurs du monde criminel, mettant au jour ses habitants et leurs secrets.